През 2013 г. научноизследователските институти и опитните станции на ССА осъществяваха международно сътрудничество с учени от повече от 30 страни в рамките на съвместни изследователски проекти, участие в международни семинари, конференции, консултативни срещи, специализации в чужбина, прием на чуждестранни учени по тематика от взаимен интерес и др. Изпълняваха се общо 172 проекта, от които 117 на двустранна основа. Институтите изпълняват 55 проекта, финансирани и подпомагани от различни международни институции - EС, Организацията по прехрана и земеделие (ФАО), Международния център по генетично инженерство и биотехнология (МЦГИБ), Биовърсити интернешънъл, Италия, Международната агенция по атомна енергия (МААЕ), Международния център за подобряване на царевицата и пшеницата (СИММИТ), Международния център за селскостопански изследвания за сухите райони (ИКАРДА) и др. Понастоящем институтите на Селскостопанската академия участват в 13 проекта по 7РП на ЕС, основно в приоритет 2 “Храни, земеделие, рибарство и биотехнологии” и в приоритет 6 „Околна среда, вкл. промени в климата” . Академията участва успешно и в други европейски програми: еСоntentplus - превръщане на дигиталните данни в Европа в по-достъпни, полезни и използваеми; „Транснационално сътрудничество за страните от Югоизточна Европа”, „Трансгранично сътрудничество между България и Румъния”; „Здравеопазване и потребители”, Люксембург (EAHC) и Европейската служба за безопасност на храните (EFSA). В различни проекти (акции) на Европейската програма за координиране на изследванията в науката и технологиите (Програма COST), учени от Селскостопанската академия са национални координатори или участници в 10 COST – акции.